- Зачем связывать репозиторий с request из веба?

реп может обрабатывать любые запросы, в том числе и запросы с файлами. 

- Зачем репозиторий работает с фасадом модели? Почему бы явно не прокинуть билдер?
По той же причине. Реп - универсален, он может работать с любыми моделями, использования билдера привело бы к определению какого-то единого общего интерфейса, который далеко не всегда возможен.

- Что такое Ajax?
Аjax - подход к построению интерактивных пользовательских интерфейсов веб-приложений, заключающийся в «фоновом» обмене данными браузера с веб-сервером(c) вики.

-  Вы на ajax, веб будете делать новый репозиторий?
Естественно. SOLID как раз об этом.

- переменные без доллара
очепятка. Бывает.

- Придет момент, когда нужно запретить удаление модели
В контроллере есть
protected $cannt = [
'destroy',
]
в статье не описано для упрощения.

- От ифа в CustomersRepository Вы ведь так и не избавились
на самом деле избавился. Переменная в контроллере содержит имя переменной реквеста, которая подключает разные репозитарии, в зависимости. Опять же здесь для простоты это пропущено.