>  PS: лучше код гляньте, скажите — правильная ли реализация или я что-то не учел или мог бы сделать лучше? 
Явных проблем не вижу, но есть два момента, из-за которых вы делаете два запроса вместо одного.

%%(p)
if (count($this->query) > 0) {
%%
Это может вызывать повторный запрос, т.е. внутри paginator будет делаться два запроса (нужно проверить).

%%(p)
$items = Article::filtered();  
$total = $items->count();
...
$items = $items->skip(($page - 1) * $per_page)->take($per_page)->get(); 
%%

Здесь вы вначале делаете запрос с COUNT, дальше без, но с LIMIT. А зачем первый запрос вообще нужен? Ведь вы после второй выборки уже имеете массив; если он пустой - значит, %%$page%% слишком велика и нужно выдавать 404 (по вашей логике). Нет смысла дополнительно вначале проверять общее число записей в таблице, это можно определить из второго запроса.