Все, что связано с данными, лучше хранить в моделях. Если есть преобразование данных, тогда Eloquent Resource классы (в 5.5+), либо отедльные классы для преобразования.

Все остальное хранить лучше в классах с бизнес логикой и сервисах, в зависимости от архитектуры. На счет структуры папок, я использую стандартную. Сервис классы в app\Services, модели в app\.