Думаю, в данном случае только через сырые запросы через DB::query(). Полнотекстовой поиск лучше сего описан в доках MySQL. Это если речь идёт о полнотекстовом поиске (FULLTEXT), а не LIKE.
Варианта два: либо обновляться до MySQL 5.6, либо использовать Sphinx. Если нужен переносимый вариант, то использовать MyISAM для таблиц с полнотекстовым индексом, как обычно и делают.